Simple sequence repeat (SSR)
>UN95059 GGCGGGACCCCTCACCGAGTTTCTCCACTGAGGGGATTGAGCTGGGCTACTACTAGAGTTGCTGGTTTGGAGAGGGAATGAAGAAAGGGAGTTT GGGAACTTACCAGCCATTGAAGAAGATGATGTCATAAGATGCTCAGGGTAAGCACTTCCATTACTGGAAGGTGGATTTTTACTACGAGCATTAT TAATGTTTTGCTGTTGCTGCTTTTGAAGCTGAAGGATTTGTTGCTGCTGATGTTGCTGCTGTTGCTGGAACTGAGCATGTAAATGATGAGAAGA TTGAGCAGCCGCAACAGAAGTTGGGATCGGAGATCGGGATGAGCGGTTGTTAGCACCAAGGTTTATGTTCCTTGAAGAGCTATCAACCACAGAA GTCCCAGAGATGGAACCTGATGAATTAGTGGCATCTGTACCAAGGTCTGGTCGTGAAAATGCTATGGACTGTCCCGACTTCCCAGTCAACCCTG CACTACCCTTTCTGTCATCATCAGCATTTGAAGAATCATGACCTGGTGCAGCTCTGGAAGCCTCTTCAGATATTCTGAAATCTTTCTTTTGTTG AGAATGGTGAACCGATGCAGCTCCAGCCGGCGCTGCCAGCATATGGTGATAAGTTTGCCTTAATGATTCCGGCAAACTTTGAAACATTGCATGA TTTTGCGCCATTGATGATATAGTGCCAGCAGTACCATTCATAGGAGCAAAAGACATTGCAAAAGTTTGAGGCGATGACGAATCCACGCCACCCC TTTTTAACCCTTGTTGCTGAGATTGCTGTTGCTGATGATGCTGTTGTTTCTTGTCATTTGAGTTGCCGCTAGGAGCATTAGACATGGCAGCCTG AGCATTCATCAGAGCAAAATTCTGTGAGTGAACCGGCATGGCAAAATTATGACCATAAACGCTCATTGTGGAAGCTCCTCTTGATACTCTACTA TCAGCAGTCGAAGGGCTATCCTCCCCACCAGTCACTTCATTCTCAAGATGACGTGCCTGCGGTGGTGGATTCATGTGCTGAGAAGGTTGCTGTG ATCGGTTTTTGTGACCCGGAAAACTGTTATGCAAACTCCCACTATTCCCATTGCCACTGCCATTAACAGCGGTGGCACTGCCTTGCTGCTGCCT CTGCTGTTGAGCTTGCAAATGCTTTTGTGAAGATGAGGTGGACCCACTGCTATTCTGATGGGTTTGTGAGATTTGTTGGGCCTGTGAAGGGTGA TGATTTTGAGATTGACTTGGTGCCGCTTGTTGTTGGGACGTTTGCGGAATCTGGGATGGGTGGATCATTTGTGAAGAATAGAAGGAGCCATTGA ACAGAGGCATGGCTTGGGCATGAGGGTTGCCTCTAAAATTTGGTGGTCCTCCAACCGCTGCAGGTATTGGATACTGGAAGGGGTTGTTTTGCAA AATCGCCATATATTGGGTTTCGTTGGCACCCATATTGGGGTAATTAAAGCTCATAGCAGGGACAGCTGCAGTTGTCGCAGAGCTCACTGTAGCT GAATTGGCTGAACCGGCAGCACCAGCCAAACCACCCGTTGTGCTTGTATTAAGCTTGGATGAACCAGGACGAACAGAAGCAGCAGATGCCGCAA CCGCTTGTTGCTGGTTAAAAGGGAATATGAACGCAGGCCCATGTAGTATATTATTGGGAGCGACTGGTGGCATTGTTTGCTGCAGCATGACCTG GTGCTTTCTCTGAGCAGCAGGATCGGGTACTGTTGTAGCTTGAGGAGACTTGTTGTCCTTTCCGGCTGTGTGGCCCGGGAAAATCCCGAGTCCT GGACCCTTGTCTTGCATTGCCTGTAAAGGCCCTCCTGCAATATTCCCTTGAAGTTCAGCTGATGGCATGACATTTAGATTGCTAGGTTTGGCCC CAAACATAGCTGCGGTTCCAGACGCAGGTGGCCAGAAAGGGTTTATCTTCATGAATTGCTGAAGATAGTGAATGTTCCTTGCAATGTAGCAATG TGTTGCACATCTTTTTGGCCTTGGCTGTGTAAATATCGGCTGAATTGGTGCTTGAGGCATGGTGTTTCCATCCATAGATATAACTCCTTGCAAC GGCGCCACATACCCCATTGGAGGCCAGTTCGCCATGGGCATTGGAATAGAACTCGGTTGAGCAGGCTTTTCTGTTTGAACTTCAGATTTTGCTT GCTGATGTTTAAGAACTTGATTAAGTGATTTGTTGCTGCTACCACTTACCAAACTAGCACTATCCTTGTTAGGTTTCTCCAAATCGATACGAAG CTCAATTTTCCTTTCTTCATCCATTGCTTTCTTTAATGATTCTCCGGTTTCCAGGGCAATCCCGCCCTTTGACTTTTGCTCTTCAGTCAAACTT ATCGTCTCATCCTTACCAAACTTCCTTATCTTCTCATCTTCCTTATCCTTAACATTCTTGCTCGCTTCCTGCTGGGTTTTATGATCGGAAAATT TGATATCCCTGTTATCTCTTTCCGGAGATGTTCTCTGTTGAGGAGGTGGAGCCATCAGATCTATCTCGAATTTTTCTTCCTTTTGACTTTCATT CTCCGCGTTACCAGCTTTTAAATTAGTCGTTGTCGTTATCGATGCAGCTGTCGTAATCAAACCTTCATTATTACTCTTTCCATCATTCAACCCA ACCGCTGGAGATTGCTTCTCAGCCTCTTCTTTAGTCAACACCAATTTAGTTTCTTCTACCACCGGTACTTTTACCTCCGCTGAAGAGACCGGAT GACCCGGTAAACTCGTAAATCCAAAAGAAACGCCATTTTCACCAGAACCAACAACAGCAGCTGCAGATCCAGAGCTGTCTGTCTTGGGAGACTG CTGATGATTCTGATGATCATTTTCCGTCTTAACTGAAGACGAAACCGGACTGCTTCGTACACTAAACGGATTATTTTCGGAAACTTGTCTTGGT CTTTTCCTCTTTGGAGCTATGGTTGACAAAGATGTCGAATTTTGAGGCTCACTAGCTGATTTATTCGAATCTAGTTTTGCATTTGTAGAATCAT TAGATGGTAATTCTTTCTTGGCTGGAGCTTGAGATTGAGTCATCAAACCATATAAAACCTCGGCTATCTCAATTTCAAGCTCTTCCGGATTCGA AGATGACGGTTTTGATGTCGATTTAGGCGGTCTGGGTTTCGACACACCTCCACCCCCTCCATTACTTTTCATCTTTTTCCGAACAGAGACATTC GAAGAAGACGGAGATGGCGGCGCCGCCGGTGAAGCTGCAACTGGTGACATGGATGATTGCCGATGACTCTGCTCTACACTCCCACTACCAACAA CACCAGATACCCATTCATGTGACCTCTTTGTTGAAGCAGAACGAGCTTTTCTCGGAACAGAAACACCAATCATTTCATCAGCCGCCTTCCAAGC TGGAGGCGCCGCCGCTCTAAAGACTTTGTTGTTGCTACTATTATTATTATTAACAGCCGGCGGAAAGGTTTTCCGATGCTGAAGAGACGTAACA TGATTATTACTGGAGTTATGATGATTTGACGGTGGATTTAACGGAGGTAACATCCGTAAAGCATCACCGTCGTCATCATCTTCATCTTCATCAT TTACACTTTCATCCGACGTGTCATCACCCTCATCTCTATTACTTCCACCTGTCACATGATTATTATTACTATGATGACTATTATGATGTTGAAT CATATTCATCCTATTATCTCTCCTTCTTTTACTCCTACTACTACTTCTTTCCCTCTCCCGATCTCTATCTCGATCCAATCGATCTTTTTTCACC ACTCCTCTTTCTCTTAACCTTCCTCCTTCGTGTACCTCTGTTCCTCCGTCCTCATCTGGTGAATCGCGTAAACTGTTGCTACGATGTCTTCGTC TTGATATACCGTTAGCAGGAGGAGCAGCCATGTTACTAGCTCGTCTAGCTTCACGATTTCTATCCATTAGATCTAATTAACGTCAGATCTATTA ACAACATCTAACATAATTCACCGGAATAATTATTATTATTATTATTAATGAATGGGCAAAGATGATATTTTTATGTGATAATAATTTTAAAGAA GAGAAGAGACGAGAAGAGAAGATTGAATAGATGATTTGAGATCTCTTTTTTTTCTCACACAAACACAC |
Primers for UN95059 SSR
Primer pair | Forward primer (5'-3') | Reverse primer (5'-3') | Product | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Sequence | Temperature | Size | Sequence | Temperature | Size | Size | Start | End | |
1 | TCGCGTAAACTGTTGCTACG | 60.074 | 20 | CATAAAAATATCATCTTTGCCCA | 58.094 | 23 | 200 | 3824 | 4023 |
2 | CGCGTAAACTGTTGCTACGA | 60.074 | 20 | CATAAAAATATCATCTTTGCCCA | 58.094 | 23 | 199 | 3825 | 4023 |
3 | TGAATCGCGTAAACTGTTGC | 59.879 | 20 | CATAAAAATATCATCTTTGCCCA | 58.094 | 23 | 204 | 3820 | 4023 |