Simple sequence repeat (SSR)
>UN86146 GTGGAAATATATATGATATACTATTAAACTTAACTGTTGTATAAACACATAAATTACATGAGCTCGTGTACAATGAATTTATGCAATAGCAAGT TTGTAACTTTAACTAGTTCGAATGGTCTAAATTTTATTTGACAACAAATGCACTCGATGAGCCAGTAAAATGACTAATCGACCCAAATAAATTC TTGGATGCGCCAAAATGGGTCACTCTGTAAACCCCAGATGCAGTCGATTGTGGGATTCGCCACTCTATAGTAGCATGACTCTGAGCACTCAGTT TTGATGGCCTTGACCACTTGAAACGAAGGCAAATATCATCATCATCAAAGGCTGGAACCCACGTATCTTGCCCTTGAAGCAACTCTACCAGAGC GAAAGTGCCTTCAGTCATGAGATCGTTTCTAGGACACGCTGACCAGAATACAACAGTCACTGTGTCACCTTTCTTGAAAGTGGAATCCTTTGCG ATGTCGGTTTTAACATCCCCGAATTTGACTCCTAGTGGGGTGGAGTCCACTACCACACCCGGTAGCAAGCTTATCTGCTTGTCTAGTAGATCTG GTGGTTGTGGGCCTGCTTCAACAGGTTTTCCAGTGACAATGGCTGTTGCGAGCTTTGTGAACTCCTGAATGTAGGCACTGAGAGTATGTGGACC ATATAGAGTCGAAGCTCCCTCGTATCTTTGCATCTCGTACTCCTCATAGGTGGTAATATACTGAGAATAGGTATTAGTTAGACCAGCTATCACA ACATGAACTTTTTCTTTAAAAACAGCACTAACAGCATCACGAAGACGTCTCCCAGCCATAGTTGTGAATTCTCCAGGTACACTGAGAATCACCA TCTGCCCTATCTTTAGCATTTGAACCGGTAGAATTGATGGCGCCCAGTCATATGGTTGCTTCATTTCCCCAGTATCGAGAAGGATAGGTTTTGG CTGTTGACAGTCTTTTTGCTCCTTACTTGGGGTTTTGAGCACGTTTCGCACCAACTTCCAAAATGGATTCCCAGTGTTGTCTCCTTGCTTAAAA TCAAAAGCCCCCGGTCCATCAGTAGTACCAGCTGCAAATCCAAATCCCATGGCAGCAGGACATGTTTTAACAGTTTCACTCCCTCCTCCTTGTT TAGGAAGTGTTACCTCAAGCTGTGTAAAATCCAGATAACTGTGACGAAAATCGATCTTTCCATTCAACTTTTCAGAAGCAGTATTAAAAAGGTC AGCAGCTTTTTTGAACTGTCTCTCTCCAATAATACGAGTGCTTTCAAATTCATCTGGGTAGCCTGGTCCTCGGCCATAACATAACTCATTCTTC CCACCACAAGTACTATGATTGAAGTCACAAGGTAGTCCAGTATCTGTGCAGAATGCCCCAAGAATATTTGGACTCACGTCCCCACAATTTGATT GGCAAAATGCAGATACAAAGCGAGGCCGATCTGCAGACCTAAGAGAACTTCTGACCCGTCTTGCTACGCTCAAGTATTTGGTTACTGGTTTACC TGAAGTGGACTTGAAAGAAGCCGCAAGTTCCAGCAATTCATGATGGTTTCCTTGGGGACCCTGAACAATGTTAGAGACTCTGCGTGGGTTCACA TTAACAATTCTTCCAGCAGTTTTCTGATCAAACCAATCTTCCATAAGGCGAGCAGCAGTTCCTTTATTGTCCCCACTAATCAACTCATTCGTGC GACTCATTGAAGTTCCATGAGTAGCAAACCAGTTAAAGCTACCCACTGGACCCCATTGATCATCTACAAACTTCAGAAGGGTCATTTCTTTATC TACATCATACTTGTATTTTGCGCGTTCTGCTGAAGGATTATTGAGATAAGCGCTAGGACTGCGATTAACTCCTGCATCTAAGATTTCTCCTTTG TTTACGTATACTGATCCTGAATGAAGGTTATCGTGAGCAAGAATGATGCTTTGCTCAATACCATCAACTAATGCATCAAACGACTGGCGAACAA ATCCCAGAGACGTAACAATATACACCACATACTGCAGATAGCCCCCAGGGCCTGCATGGGTATGTATACCACTAATGGCAACATTCTTCTCTGT ATATAAATTTCCATACCTTGCCTTTAACCTCTCAAGGACTTTGAGTGTTACAAGTTGCGAACCCATGCAAGCATCGAGATTTACAAACACCACA CGGTTTCCTTGCGGCTCAGCCACAATAAATGCACGAGATCTCAACCGAAAGTGAATGCCAGATGCGGTTTGATCCGAGTTGGCATATCCCATCA TGTTGACATCAGCTGCAGGCCCAGTGATGTCATAGCTTCCTAGCCCAACTAAGTAATTAGAAGCAGATATCGCTTTTTCCGCATTGTGTGCAAA AACTAGTAATAACACCCAAAACCATGCAATTGCACGTTGTCGCTGTATGACAGCCTGAAAGAACTCCATCACGATTCCACCACCAGTCTTAAGG TATTTTCTTCACACTGAAAATGCAACAGAACAAAAATTCTATATCTCCATTAAAAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGGGGGGGCATTAGTA TGCAGATGTAAGATAACATAAGTATAAAAGGTCGGAGCAGCTGATAAGTAATAAACGTTATCAAACATGTTATTTAACATGCATTAGAAATAAG CAGGTAACTGATCTCGTGCCATTGTGCGTGTGTGGCTGGTATTCCCCTGTGAGCTGAAAAAGGTAACGCATGTTTGTCTGAGTGAACCTATAGT TGATGATTGTGTGCAATAATTAGGACCGTGCGACCTATTAGCTACATTTTGCGGTGGTCTATTTACATCCAAAGGATGGGCTACGCAAATACAC AAAAACGTAAGTTAATTAACTAATTGTAAAAGGCAGGAGCAGAGAGTAGTTACCAACTGTCACCGTAAGGCATTTTCTAAATTATGTTACAAAT AAGTAGTTAAACAACTTGATTGAGTTGCACGCATGTGGTTGATGTTGCCATTTGATGTGGAACAAAGCACTTCTGGTTGTTCTTTGATACCTTA TAAAGACACACGCCTGCGTTTAGTCTTCTGAAATGAAGTCAAATAAGTGGCGTATACTTGTTTGCTTATACCTATAATGGTAATAATTACCATT AAGTTAATATGAAGCACCTGAAAACCTGTAACTGCTGCTTGTGTATAATCACCACGATCCCACAGTGTATGTTGCAATTTATGCACTGACCTAT TCAAACCCGCCGAAGTCCTTAAAAGGTTGTCATCACCGGTAGCAGTCTTAAAGTTGTAGAGGAGATATTCAAAATTGGAAGATGCCATTTGAAG GTTAACCCCTGGTCTTTTATTCTTCCTGTCCGTATCCGTCTCGACACACAACCGGTGAATATTAAGCATAGCCTTAGCTTCCCTCTCTTCCTAC AACAACTCCTCACTCGCATACTCACTCAAAAACTCCCTCTTCTTCTTCTCCAAAACCATCTTCTCGATCTCCTTCTCATCCGGCAACGACACAT GAACAACAAACTCCTTCTCTTTTTCCTCCTCCAAATTAGCACTTCAAGACTGTGGTTTTGCGTTTCAGTTAATTGATAGGTTTTTCAGTATTGT GGAATTGTGGAAGATGATGTATGTGGATTTGTGGATGACCTGAAACCGTATATCAATGATTGGTGAACCGTCAATTTCATGTAACGTAGGCTT |
Primers for UN86146 SSR
Primer pair | Forward primer (5'-3') | Reverse primer (5'-3') | Product | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Sequence | Temperature | Size | Sequence | Temperature | Size | Size | Start | End | |
1 | CGCTGTATGACAGCCTGAAA | 60.011 | 20 | TTATCAGCTGCTCCGACCTT | 59.978 | 20 | 195 | 2391 | 2585 |
2 | CGCTGTATGACAGCCTGAAA | 60.011 | 20 | TATCAGCTGCTCCGACCTTT | 59.978 | 20 | 194 | 2391 | 2584 |
3 | ATATCGCTTTTTCCGCATTG | 60.061 | 20 | TATCAGCTGCTCCGACCTTT | 59.978 | 20 | 262 | 2323 | 2584 |