Simple sequence repeat (SSR)
| >UN00309 ACCATTACCAACTACTTTTGTGACCATACATGCTAAAACATACCGTTATTCCGATGACATTTTTTTCGTGTCTTTTTCTTGCTGCGCTGGCCTG TTTCACGTTGAATGATTTTGGGAATAATGTCGTTTCAGCTTCTCTTTTAGCTTCATCAATGGAGAGGTGAAAACCTCGTATCGGAGGTGGTTTG TTGGTAGAGAGACTAAGTCGATGTAAAGCTGGTTGTATGCACTTCCGCTACAACATTGAGACACTTTTTATACTGAATCCTCATGATGGGATTA ATGCCTTTTATACTAACAAACCCTCTCAACTGATTATCCCCGTATCTCAGGTAAAAATATTAGTTGCAGATGCAGGAGTCCGGCGGCTAGACCA ACGCGTCTCAACTTGCTCCATATGTTTTTTGGCGCTTGTTCCTCTTTCTTTGACTCTTCTTGTTTCAATGTAACTGTTGCATAGAAACCATGAA TTGCCGCGTTGCGACAGGGCTTTTTAGTGTAACATAGTGATATTATTTCGTGACGACAGTTGATGTTATTGGGTAATGTTGATGGGTCACGGAT CAGTGGCGCACGGGTCAGTGAGTTGGATCTTGTTTGACCGAGGTTTAATAAAACTGTATGTTCTAAAACCTGTAATTGGGTATTTGTTGTGAGC CGGATTCTTGACACTGCATGTGCGGAGATTAACTTTGGAGCTCTTCTTCTAGGAACTGTTTTCACTTCTTTGTCATAACCAAAAAACGGTTGGT AATGCTGACAAAGTTGGTCACAGTTTCGCATGTACATATATTTTACTGGAGGGCCCGACACTGGTAGCTCATAGCTGCATAGTAACGGGTATGG TTAAGTTAGTATTAGATATCCAACACACCGGCGATCCTTTGAAGGAAGAAATGAGTTATCGAATAACCTTGTTGACTGCCATGTATCTGACTAT TATCTGCGGATGAACCGGACTAATTTACCTGTGCATGATTGGTAACACCTGCAATTAATGGTTATATGTATTCACTACGACAACTGTCAGCTGT GACATGTGTTTGTCTATGGTATACTTACACCTTGAGTAACACATTCCACGTTTCTATAGCCAGAATCATTGAAAGATAAGGTCTTTTCGACATG TGCATATTCATTCGAGCATGGATAGTAGTTGTATCAGCCAAAGGAAACTTCGGCGCTGAAATTGTATGAGTGATACATCTGTCGCTGTTATACA AATACCATATTTATTTTAGTCTACCCGTGGTTCCCGTCGATAGCTTCTGATATTATGCATAATATGACGGTCAATAAATGTTACTGAGAATGAA GTATCGAATCACCTCGAGTACTGAAGGTGCACGCCAATCATTTTCCTGTAGAGTGGTCAAAACGGTTGCTGTTTGTGTAGGCATACGTCTGCTG ACCAAGCGCGTTCGTCTATTATTTTCATGTAATGTGCTGGGACCTGCTTCCCCATGCGATGTTGCATCTACGGCCAAAGGCGTTGCACGACAAT TATGGGCATGCAAAGCGCGACAAACACTTTCCAAATCTTTGACCCCGTGCGAACTGCTGCATATATTTTGCTTTGGTTCATTTATGCCTGATGT GCCACATCGTGAGATAATTCAGTCATTTTTATACTCATGAATGTCATTTCAGCTCGTGCCTTAACATCTCTGAGCTGAGCTTCCTTGCTTCCAT AATTTGAAGGAGGAATAATTTATAGCTACCTCTTGAGTTAGTCCTGGCATGACTTCATCCTCTTACTTGCCTCTTCAACCAATAAGATCGTCGC GGGAAATAAATTTAACAGACATGGAAAGACTTCACATCATAGATTTCTTAGATTCACTTTTGCGTCTAATAGGGTAAGCTGCAAAAATCATCAG CAAGGCAGCCTTTTGGTGATCTCTTGTTTTATGAAGAAGATTTGATGAGATATCGTATGTAAAACTGGTTCTTGAATCAGTGAAGTTACTCATC ACATATGGGGTGTACCGGCCTTCTTGACCCCACCGGAATCCTACCTACAACGTCGTTGCCAACGAAAAAATACGACGGAATTTGTTCGGTGTGT CGGAGTGTGTGTGTGTTTTTTTTGAGTATTTTGTTGGGAAGAAGATTCAAGAAGAAAATGGAAGGGGTGGATTTATTAGAGATGAGAGAAGCTT CAAGAGAGGAAGCAAAAGGCAACTGTTTAGTACAAATGAGTAAAAAAAAAATTGAAGAATCACATACCTCTCAGCAAGTGGGGTGTGT |
Primers for UN00309 SSR
| Primer pair | Forward primer (5'-3') | Reverse primer (5'-3') | Product | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Sequence | Temperature | Size | Sequence | Temperature | Size | Size | Start | End | |
| 1 | GCTGCAAAAATCATCAGCAA | 59.96 | 20 | AATCCACCCCTTCCATTTTC | 59.996 | 20 | 278 | 1864 | 2141 |
| 2 | ATACGACGGAATTTGTTCGG | 59.823 | 20 | CAGTTGCCTTTTGCTTCCTC | 59.993 | 20 | 144 | 2044 | 2187 |
| 3 | CAAAAATCATCAGCAAGGCA | 59.809 | 20 | AATCCACCCCTTCCATTTTC | 59.996 | 20 | 274 | 1868 | 2141 |