Simple sequence repeat (SSR)
>UN55067 GGATACATTATAATTCAAATTGCAAATGGATCTTTTACAATCAAAAACGAAACGACAGTTATAGTACATATTCCTTTTTAATCACATACACTTA ATAACAAACTCAAACATGATTGTCTAGCTAGTAAATAGGAAGAGTATCATCCCATGGTTAAGTAGTATTCAAGATATTACATCCATGGATATTA TTGGCTGATTTCACTATGGTTTCTGTTTGTTTTGATTGGTTTGAAGTATGAGAAACATCGATAAGGATTTATATATAAACTCTAATTCATGTCA TATGGATTTAACTGCTGCATTGAACATCATATTAAAGGCCTTCTGAGTGCATGCCCTGAACTTGACAGAATCAATTAGTCCTTTCTCAGTTCCT ACCGCAACCCTCAGCTGGTCCATGTAACTCATTATTGTCACCGTAAGACTCTGTGGAACATTGACCACCATGAAATACAAGCCTTTAACCGGTT GATTAGCGAGGGTCATCTTTTCAAGTGGCCCAATCATATTTGACACAGTCATGCTTGAATTTTTCAGGGTGCTATGAATGTATTCAGCTGTCGC CTCTGGACCTCTATATTTTCTAACAGATTCGAGTAGCATTCCAGTGAGATAAACAGCAGACGAGTTTCTCTTTCTTTTGATGACATTCTGTATT TCCTGAACAAATTTGAGCGGATTCAAAGAACGATCATTATCATTTAATTCTGGCAAGGAAACATGCAAGAAACCAAACTGGTTTCCCCACTGAA CTTGAGCTTCCTGGTTCTGAACCATCTCATCCACAGACTTGTAACCACCAATTGATCTAGTATTAAGCAACACTAATGCTGTGGACCTTGCATT TTTTGTTTCTTCACTTGTTTCTTCCATGTATAATCTAGTCCCCAGGAAGATCATCCCAGTGACAACATCATTTATTGTCACATGAAGGTTGGAC TTAATTTCCTTAATTTTATCCAAAGAGAATGTCATTGTCATTATATTAATCGGTTGGAACTCGACCCCGTCTTTGCCAGATCGTATCGGTGTTC GGCTATCTTCCAAGAAACTACTCTTCAAAATGCTCCAACCGAAATCCAATACTGTGTTTATTGCACCAGTCAATGCCTTTGGTAGAGCATTAAT CAAGCTCTTAAGTTCATTATCTGCCTTAGATGATTTTTGAAAGTTTGGAAATGTTAAGGGCAGAGAAGGGTTGTCTGCTCTTTGTAGACATGAA AGAAGTGCACCCATAAGCGAAAAACCATCTCCAAGTGCATGATGAAGCTTAAAAACAAGGCTACCAGATGCATTGCTTGTTGGGTACTTAATTA TATGAATTTCCCATAAAGGCCTTGTTTGTGGCAGTGGATCCATAGCTATTTTCGACAAATAATCATTGAAATAATGATCATAAGATTCGACCGA TAAACCTTCAGGAAAACGAGCAAGTTTTATATGATCTTCTGCTTTCACTTCAACCCTTTTCCAGTGCTTGTCTCCCTCTCCATCTTCAACCATG ATTGAAGAGAAACGAGGGTTGATAGGAAGAAACACATTGTTAATGAGTGCAAGGCTTGAAGAGTCATCGATGGGGTTTTCAAACTCTAAGATGC TAATGACCGAAACCGAAAGTGCCGAGCTGTTGAAATACTGCCCGGTTGGGCTCACTGGTTCTGACATTTCGACATCTTCCACGACTCCTATATT CACCTTCAACGCCATCTTTATCTCACTGTTTGTGTGTGTGTGTTTTGTTTGTAACAGAATAGAAGAAGGTTTGACTAGTGATTG |
Primers for UN55067 SSR
Primer pair | Forward primer (5'-3') | Reverse primer (5'-3') | Product | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Sequence | Temperature | Size | Sequence | Temperature | Size | Size | Start | End | |
1 | CTGTTGAAATACTGCCCGGT | 59.993 | 20 | TCAAACCTTCTTCTATTCTGTTACAA | 57.775 | 26 | 142 | 1625 | 1766 |
2 | AATGACCGAAACCGAAAGTG | 59.971 | 20 | TCAAACCTTCTTCTATTCTGTTACAA | 57.775 | 26 | 167 | 1600 | 1766 |
3 | GCTAATGACCGAAACCGAAA | 60.074 | 20 | TCAAACCTTCTTCTATTCTGTTACAA | 57.775 | 26 | 170 | 1597 | 1766 |